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Lincoln Burrows è condannato a morte per aver ucciso il fratello del vice presidente. Insiste nel dire che è innocente e solo suo fratello Michael Scofield crede in lui. Come ingegnere che ha aiutato a progettare la prigione dove Lincoln è tenuto prigioniero, Michael prende delle misure drastiche per aiutare suo fratello. Si fa arrestare e mandare nella stessa prigione in modo che la sua conoscenza e la loro forza riesca ad aiutare i due a fuggire insieme. Nel frattempo mentre è all'interno della prigione Michael scopre una cospirazione che vuole che la sentenza di Lincoln venga portata a termine. Fuggire di prigione sarà più difficile di quello che aveva pensato ma ne vale la pena provarci.